Kościół św. Mikołaja jest jednym z najstarszych w Krakowie. Pierwotny kościół został wzniesiony w XII w. Kilkakrotnie spalony pożarach, był odbudowany w latach 1376 i 1528. Zniszczony został przez Szwedów w 1656 r. Obecny wzniesiony w latach 1677-82. Barokowy z gotyckim prezbiterium, orientowany, pseudobazylikowy, 3-nawowy. We wnętrzu znajdują się m.in.: w prezbiterium kulisowy ołtarz główny i stalle ozdobione scenami z życia Chrystusa i herbami uniwersytetu - 2 poł. XVIII w., oraz brązowa chrzcielnica z 1536 r. W nawie bocznej gotycki ołtarz-pentaptyk z Koronacją Matki Bożej i wczesnorenesansowy obraz : Matka Boża ze św. Wojciechem i Stanisławem z pocz. XVI w. W prezbiterium znajduje się późnorenesansowy nagrobek.
Od 1 połowy XIII w. do 1456 kościół należał do benedyktynów z Tyńca, później został kościołem parafialnym, pod patronatem Akademii Krakowskiej - 1467-1939 r. Częściowo uszkodzony w 1945r. Obok kościoła umieszczono kamienna latarnię zmarłych z XIV w., stojącą kiedyś przed szpitalem trędowatych przy kościele Św. Walentego na Kleparzu. Od strony północnej w roku 2004 wzniesiono pomnik – Chaczkar, czyli „Kamień Krzyżowy”. Upamiętnia on Ormian – ofiary ludobójstwa dokonanego w Turcji w 1915 roku.

Św. Mikołaj urodził się około roku 300 w mieście Patarze leżącym w Azji Mniejszej. Jego rodzice byli bogatymi mieszczanami i słynęli z wielkiej religijności. Mikołaj już w chłopięcym wieku odznaczał się wielką pobożnością. Za zgodą rodziców wybrał sobie stan duchowny. Kształtowaniem jego duchowości dość wcześnie począł się zajmować się jego stryj również Mikołaj, który był biskupem Miry. To właśnie on widząc w młodym Mikołaju powołanie kapłańskie, przygotowywał go do stanu duchownego. Św. Mikołaj był człowiekiem wielkiej dobroci i skromności. Kiedy został kapłanem, cechy te pogłębiły się w nim jeszcze; uważał, ze stan kapłański zobowiązuje go do większego wysiłku dla Boga i ludzi. Mikołaj bardzo wcześnie stracił rodziców, kiedy panująca wówczas zaraza zbierała obfite żniwo. Po rodzicach odziedziczył znaczny majątek, który rozdał ubogim. Jak pisze jeden z jego biografów, szczodrobliwość Mikołaja zasłynęła, kiedy wsparł materialnie jedną z rodzin, a było to tak: W Patara żył zubożały szlachcic z trzema już dorosłymi córkami. Kiedy nędza i niedostatek poczęły bardzo dokuczać rodzinie, wówczas ojciec wpadł na nieszczęsny pomysł, aby córki nierządem na chleb zarabiały. Płakały dziewczęta i zanosiły modły do Boga, a Pan Wszechmogący wejrzał na łzy niewinnych panienek. Wieść o nędzy dziewcząt i okrutnym zamiarze ojca doszła do Mikołaja. Następnej nocy rzucił do sypialni szlachcica tyle złota, ile potrzeba było na utrzymanie rodziny i wydanie za mąż córek. Ocalił w ten sposób rodzinę od nędzy moralnej i materialnej. Szczególne nabożeństwo do Męki Pańskiej skłoniły Mikołaja do przedsięwzięcia pielgrzymki do Ziemi Świętej. Podczas przeprawy morskiej zaskoczyła statek wielka burza, tak że wydawało się iż statek zatonie. Marynarze poczęli prosić Mikołaja o wstawiennictwo do Boga. Święty Mikołaj wzniósł oczy ku niebu, burza uciszyła się i statek ocalał. Od tej pory Św. Mikołaj uznawany jest za patrona marynarzy. Po powrocie z pielgrzymki zapragnął Mikołaj spędzić życie w ciszy klasztornej, ale nie pozostał tam długo, bowiem w czasie modlitwy Pan Bóg objawił mu, by udał się do miasta Miry. Zmarł tam właśnie dotychczasowy biskup. Duchowieństwo wraz z ludem modliło się o szczęśliwy wybór następcy, a ponieważ wyborcy nie mogli się zdecydować na kandydata przeto postanowili zdać się na Opatrzność i tego osadzić na tronie biskupim, który nazajutrz pierwszy przybędzie do kościoła. Mikołaj o niczym nie wiedząc, kiedy przybył wcześnie rano do Miry pierwsze swe kroki skierował do kościoła, aby podziękować Bogu za szczęśliwie odbytą podróż. Tam już na niego czekano i oznajmiono mu o wyborze na biskupa. Św. Mikołaj bardzo sumiennie spełniał swe nowe obowiązki i jeszcze bardziej począł pościć i spełniać uczynki miłosierne. Dbał tez o to, by podlegli mu księża szanowali swą godność i byli wzorem dla wiernych. Kiedy Dioklecjan wszczął nowa falę prześladowań chrześcijan, to nie ośmielił się skazać na śmierć św. Mikołaja ponieważ jego sława była tak wielka. Poprzestał tylko na jego wypędzeniu z Miry. Gdy na tron wstąpił Konstantyn Wielki, Kościół odzyskał wolność i Mikołaj mógł już powrócić na swą stolicę biskupią i przystąpić do likwidowania pogaństwa. Niedługo potem zaczęła się szerzyć herezja Ariusza przecząca boskości Jezusa. Mikołaj z wielkim zaangażowaniem ją zwalczał i potępił ją z całą stanowczością na soborze powszechnym w Nicei w roku 325. Św. Mikołaj zmarł 6 grudnia pomiędzy rokiem 345 a 352. Zaraz po śmierci poczęto oddawać mu cześć należną świętym. W roku 1087 przeniesiono jego zwłoki do Bari na południu Włoch. Kult św. Mikołaja bardzo rozpowszechnił się w kościołach wschodnich, gdzie z uwagi na przypisywane mu liczne cuda nazwany jest "Cudotwórcą".

Św. Mikołaj