Wojewódzki Specjalistyczny Szpital Dziecięcy im. św. Ludwika w Krakowie od roku 2007 jest realizatorem programów zdrowotnych, finansowanych z budżetu Miasta Krakowa i budżetu Województwa Małopolskiego. Jest to jeden ze sposobów realizacji misji jednostki: "Walki o życie, zdrowie i uśmiech dziecka".